আয়াতুল্লাহ সাইয়্যেদ আলী হোসাইনি খামেনেয়ি ফারসি ১৩১৮ সালের ২৯ ফারভারদিন মাসে মাশহাদে জন্মগ্রহণ করেন, যিনি আয়াতুল্লাহ সাইয়্যেদ আলী খামেনেয়ি নামে প্রসিদ্ধ, ইসলামি প্রজাতন্ত্র ইরানের রাহবার। তাঁর পড়াশোনা শুরু হয় মক্তবে। এরপর তিনি দারুত তালিমে দীয়ানাতি এবং এরপরে মাশহাদের মাদ্রাসায়ে এলমিয়েহে নাওয়াবে চলে যান এবং সেখানকার পড়াশোনা শেষ করেন।

এরপর তিনি আয়াতুল্লাহ মিলানি ও হাজ শেইখ হাশেম কাযভীনির দারসে খারেজে (উচ্চতর ধর্মীয় ক্লাসে) যোগ দেন। এরপর ইরাকে চলে যান এবং সেখানে কিছুকাল আয়াতুল্লাহ উযমা হাকীম, খুয়ী, শাহরুদী, মির্জা বাকের যানজানি, মির্জা হাসান ইয়াযদি ও আগা মির্জা হাসান বুজনুর্দির ফিকাহ ও উসুল শাস্ত্রের দারসে অংশগ্রহণ করেন। এর এক বছর পরে নিজ দেশে ফিরে আসেন এবং কোম নগরীতে ইমাম খোমেইনি (র.), আয়াতুল্লাহ বুরুজের্দি ও শেখ মুর্তাযা হায়েরি ইয়াযদির কাছে দারসে খারেজের পাঠ গ্রহণ করেন এবং আল্লামা তাবাতাবায়ির নিকট দর্শনশাস্ত্র শিক্ষালাভ করেন।

তিনি তাঁর রাজনৈতিক সংগ্রাম শুরু করেন ফেদায়েনে ইসলামের সময়কালে। ১৩৩৩ সালে (১৯৫৪ খ্রি.) তিনি মাশহাদে সৎকাজের আদেশ ও অসৎকাজে নিষেধের বিষয়ে একটি বক্তব্য রাখেন এবং এতে তিনি ইসলামি বিধি-বিধান আঞ্জাম না দেওয়ার ব্যাপারে সতর্ক করেন। ১৩৪২ সালে (১৯৬৩ খ্রি.) কোমের ফায়যিয়া মাদ্রাসার (শাহের পেটোয়া ও গোয়েন্দা বাহিনীর নৃশংস হামলার) ঘটনার পরে তিনি মাশহাদে আয়াতুল্লাহ মিলানি, কিছুসংখ্যক আলেম ও দীনি বক্তার কাছে ইমাম খোমেইনি (র.)-এর পক্ষ হতে বাণীসমূহ পৌঁছে দেওয়ার দায়িত্ব পান। এটি ছিল ইরানের বিভিন্ন শহরে ধারাবাহিক বক্তব্য ও দিকনির্দেশনা দানের সূচনা  যা তাঁর কয়েকবার আটক ও বন্দি হওয়ার কারণ হয়েছিল। ১৩৫৮ সালের ফারভারদিন মাসে (১৯৭৯ খ্রি.) ইসলামি বিপ্লবের বিজয়ের পরে তাঁকে সিস্তান ও বেলুচিস্তান প্রদেশের জনগণের দেখভালের দায়িত্ব দেওয়া হয়। এরপরে, বিপ্লবী পরিষদের পক্ষ থেকে তিনি প্রতিরক্ষা উপমন্ত্রী হন এবং একই বছরের ডিসেম্বরে, ইমাম খোমেইনি কর্তৃক ইসলামিক বিপ্লবী গার্ড বাহিনীর প্রধান নির্বাচিত হন। আয়াতুল্লাহ তালেকানির মৃত্যুর পর তাঁকে তেহরানের জুমআর নামাযের ইমাম নিযুক্ত করা হয়। একইসময়ে তিনি সুপ্রিম ডিফেন্স কাউন্সিলের সদস্য ছিলেন এবং এই পদে থাকাকালীন কয়েকবার যুদ্ধের ময়দানে উপস্থিত হন।

মজলিশে শুরায়ে ইসলামির (সংসদ) প্রথম নির্বাচনে তেহরান থেকে জনপ্রতিনিধি নির্বাচিত হন এবং মজলিশে অংশগ্রহণ করেন। মজলিশের প্রতিনিধি থাকাকালেই ১৩৬০ সালের ২ তীর (২৭ জুলাই, ১৯৮১) তারিখে আবুযার মসজিদে বোমা হামলায় তিনি আহত হন।

শহীদ বেহেশতির শাহাদাতের পর তিনি জমহুরি ইসলামি পার্টির মহাসচিব নির্বাচিত হন এবং এই পদে পার্টির বিলুপ্তি পর্যন্ত (১৩৬৬)দায়িত্ব পালন করেন। ১৩৬০ সালের মেহের মাস (অক্টোবর, ১৯৮১) থেকে প্রায় আট বছরযাবত তিনি ইসলামি প্রজাতন্ত্র ইরানের প্রেসিডেন্ট ছিলেন এবং ইমাম খোমেইনি (র)-এর মৃত্যুর পর মজলিশে খুবরেগানে রাহবারির (রাহবার নির্বাচনী পরিষদ) সদস্যদের পক্ষ থেকে ইসলামি প্রজাতন্ত্র ইরানের দ্বিতীয় রাহবার নির্বাচিত হন।